دوره مهارت آموزی سیستم بیولوژی: R و آنالیز داده های میکرواری
آزمایشگاه ژنیران برگزار کننده دوره کارآموزی سیستم بیولوژی: R و آنالیز داده های میکرواری می باشد.
۵۰ ساعت آموزش در ۲۰ جلسه ۳ ساعته (یک جلسه آخر امتحان)
کلاس‌های کارگاه سیستم بیولوژی: R و آنالیز داده های میکرواری به صورت ۴ تا ۶ نفره برگزار میگردد
با اعطای مدرک از آزمایشگاه ژنیران-انجمن بیوتکنولوژی کشور و ITE لندن
شروع مجدد دوره:
- ۸ مرداد
- ۲۸ شهریور
- هزینه دوره: ۸ میلیون تومان
برای ثبت نام کافیست فقط 20 درصد هزینه کل را بپردازید. 80 درصد باقی مانده را می توانید در اقساط 3 ماهه با چک صیادی پرداخت کنید. اطلاعات بیشتر
سرفصل های دوره کارآموزی سیستم بیولوژی: R و آنالیز داده های میکرواری
- مبانی اومیکس، سیستم بیولوژی در زیست‌شناسی
- دیتابیس های مهم در سیستم بیولوژی
- برنامه نویسی مقدماتی R
- آموزش کامل آنالیز داده های میکرواری
- متاآنالیز داده های میکرواری
- آموزش کامل TCGA
- Functional Enrichment و نمودارها در R
- تئوری گراف و ارتباط توپولوژی نتورک با عملکرد سلولی
- انواع شبکههای زیستی (مانند PPI، ceRNA، شبکه های Functional enrichment)
- ترسیم گراف با پکیج ggplot2 و سایت های رسم شبکه های زیستی
- ترسیم و آنالیز شبکه ی ceRNA و کار با سایتواسکیپ و پلاگین های کاربردی آن
- آنالیز غنی سازی با enrichr، David و ژن انتولوژی
- رسم شبکه co-expression با WGCNA
- رسم و تحلیل نمودارهای هیت مپ، PCA، volcano plot و غیره
- ترسیم نمودار Roc
- کار با نرمافزار gephi
- آنالیز بقا (Survival analysis)
The course entitled “Cell Modeling in System Biology” at Geniran laboratory covers following topics
Fundamentals of Omics, Systems Biology and Modeling in Biology
Stem-cell Engineering and regenerative medicine
Designing Industrial microorganism
Essential databases in Omics and Systems biology file formats like SBML
Omics Data Integration and Multi-Omics
Graph theory and association between network and cellular function
Various Biological Networks like GRN, PPI, Signaling Networks and etc
Drawing a network with iGraph package and websites for drawing graphs
Cytoscape and Important plugins
Enrichment Analysis with enrichr, David and GSEA and Gene Ontology
Drawing co-expression network with WGCNA
Drawing and analyzing heatmap, PCA, volcano plots, etc
Dynamical Modeling, kinetics
Cell Cycle, bistability, and action potential modeling
Ordinary and partial differential equation
Networks motifs, its effect on regulation in cell and gene circuit design
معرفی
سلول‌ها که کوچک‌ترین واحد ساختمانی حیات هستند، همگی از میلیون‌ها جزء ریزتر مانند نوکلئیک‌اسیدها، ریبونوکلئیک‌اسیدها، پروتئین‌ها و متابولیت‌ها تشکیل شده‌اند. در وهله اول ممکن است تصور کنیم شناسایی هرکدام از این بیومولکول‌ها و بررسی عملکردشان در سلول می‌تواند برای شناخت یک سلول کافی باشد، اما تنها شناختن این اجزای پراکنده کافی نیست. برای آنکه بتوانیم به شناخت حیات یک‌قدم بیشتر نزدیک شویم، به یک دید تحلیلی دیگر به نام سیستم بیولوژی یا Systems Biology احتیاج داریم.
زیست‌شناسی سامانه ای یا همان سیستم بیولوژی، با هدف ایجاد یک نگاه کلی‌نگر یا هولستیک به وجود آمد، چراکه باتوجه‌به جمله‌ای منتسب به ارسطو، “کل بزرگ‌تر از مجموع اجزاست”. همان‌طور که می‌دانیم، اجزای سلول در تعامل با یکدیگر کار می‌کنند و این تعاملات آن‌قدر متعدد و پیچیده هستند که با هم سیستم‌های پیچیده‌ای را تشکیل می‌دهند.
پس برای آنکه بتوانیم یک سلول را بشناسیم و رمز این سیستم‌های بیولوژیکی را باز کنیم، باید دید خود را کمی وسیع‌تر کرده و به سلول به‌عنوان یک سیستم نگاه کنیم. برای مطالعه، نگاه‌کردن مجموع اجزا برای شناختن این سیستم کافی نیست، باید کل این سیستم را در نظر داشته باشیم و اهمیت ویژه‌ای را برای روابط میان اجزا در نظر بگیریم.
با تمرکزکردن بر روی تنها بخشی از سیستم، ممکن است اطلاعات مهمی را در بخش دیگری از این سیستم از دست بدهیم؛ اطلاعاتی که می‌توانست برای درک بهتر سؤال زیستی به ما کمک کند. به همین دلیل، سیستم بیولوژی به دنبال راه‌حل‌هایی برای حل این مشکل است.
برای بررسی سیستم‌های پیچیده زیستی، دیگر نمی‌توانیم به دانش کلاسیک زیست‌شناسی اکتفا کنیم و باید برای تحلیل حجم بالایی از داده نیز راه‌حل پیدا کنیم. همچنین باید در نظر داشته باشیم که سیستم‌های زیستی دینامیک هستند و در طول زمان به فراخور آنکه در چه شرایط محیطی یا درونی قرار دارند، تغییر می‌کنند. پس اطلاعاتی که از یک سیستم بیولوژیک به دست می‌آورید، تنها منحصر به یک زمان مشخص نیست و باید تغییرات اجزا و مقدارشان در طول زمان را نیز در نظر بگیرید.
به همین دلیل است که سیستم بیولوژی، برای رشد خود نیازمند حوزه‌های دیگری از علم مانند زیست‌شناسی، ریاضی، علوم کامپیوتر، بیوانفورماتیک و فیزیک است تا توانایی پیش‌بینی سیستم‌ها را در طول زمان و تحت شرایط مختلف داشته باشد. پس می‌توان آن را حوزه‌ای میان‌رشته‌ای به شمار آورد.
زمانی که بتوانیم از حوزه‌های دیگر علم برای پاسخ به سؤالات زیستی کمک بگیریم، توانایی خود را برای این مسئله پیچیده بیشتر کرده‌ایم. محققین علوم زیستی با تکیه بر نتایج تحقیقات محققین حوزه سیستم بیولوژی مانند مدل‌های پیش‌بینی‌کننده که چندین مقیاس را هم‌زمان در نظر می‌گیرد، می‌توانند نشانگرهای زیستی جدیدی را برای بیماری‌های مختلف کشف کنند، بیماران را بر اساس پروفایل‌های ژنتیکی منحصربه‌فرد طبقه‌بندی کنند و یا حتی تحقیقات خود را بر روی داروها و سایر درمان‌ها معطوف کنند.
پس زیست‌شناسی سیستم‌ها، درنهایت می‌تواند پتانسیلی را برای اکتشافات جدید ایجاد کند تا شاهد نوآوری‌هایی در حوزه علوم زیستی باشیم. پس از به‌دست‌آوردن نتایج با کمک روش‌های مبتنی بر سیستم بیولوژی، می‌توان با بررسی آن‌ها در مقیاس آزمایشگاهی، صحت نتایج را مطالعه کرد. همچنین، به دلیل آنکه با استفاده از نتایج حاصل از این روش، تعداد بیومولکول‌های مورد بررسی خود را کاهش داده‌اید، میتوانید برخی از هزینه‌های نهایی کارهای آزمایشگاهی را کاهش دهید. حتی ممکن است در تحلیل‌ها به نکاتی برخورد کنید که ممکن است از قبل آن‌ها را در طراحی آزمایش در نظر نگرفته باشید.
محققین سیستم بیولوژی در طول سال‌های گذشته، اطلاعات به‌دست‌آمده از اومیکس مانند ژنومیکس، اپی‌ژنومیکس، ترنسکریپتومیکس، پروتئومیکس، متابولومیکس و غیره را گردآوری کرده و در کنار دیگر اطلاعات به‌دست‌آمده از دانش زیست‌شناسی قرار دادند. آن‌ها با مدلسازی، تحلیل ریاضی و محاسباتی روابطی که بین این اجزا وجود دارد، دیتابیس‌های جامعی را تولید کرده‌اند تا محققین حوزه‌های علوم زیستی بتوانند تحقیقات خود را بر پایه این دیتابیس‌های جامع جلو ببرند.
این دیتابیس‌ها، پایگاه‌های دانشی هستند که به کمک آن‌ها می‌توانیم آنالیزهای انریچمنت یا Enrichment Analysis را برای مسیرهای زیستی و یا ژنها (آنالیز ژن انریچمنت) انجام دهیم تا مهم‌ترین آن‌ها را شناسایی کنیم. از طرفی انجام تحلیل‌های ژن انتولوژی (Gene Ontology) یا هستی‌شناسی ژن، به ما دید بهتری از ارتباط بیومولکول‌ها با اجزای سلولی، فرایندهای زیستی دخیل در آن و عملکرد مولکولی می‌دهند. وب‌سایت‌ها و نرم‌افزارهای مطرح این حوزه نیز می‌توانند به ترسیم شبکه مابین بیومولکول‌های ما کمک کرده و تحلیلی از ساختار شبکه آن‌ها ارائه کنند.
پس برای آنکه بتوانیم از کاربردهای سیستم بیولوژی در تحقیقات خود استفاده کنیم، نیاز به دانش ریاضی یا برنامه‌نویسی پیشرفته نداریم و می‌توانیم با تکیه بر این دیتابیس‌ها یا وبسایت‌هایی که برای سیستم بیولوژی توسعه پیدا کرده‌اند از زیست‌شناسی سامانه‌ای در مطالعات خود بهره ببریم. در عوض، اگر قصد داشته باشیم که در توسعه این حوزه از علم سهیم باشیم، باید توانمندی خود را در زمینه‌های محاسباتی افزایش دهیم.
بااین‌حال، برای استفاده از سیستم بیولوژی، زیست‌شناسان تنها نیاز دارند که پایه‌ای از برنامه‌نویسی، ریاضی، آمار داشته باشند و با دیتابیس‌ها، نرم‌افزارها (مانند سایتواسکیپ یا Cytoscape) و وبسایت‌های پرکاربرد آن (مانند Enrichr برای آنالیز غنی‌سازی) آشنا باشند.
امروزه به دلیل اهمیت داشتن دید محاسباتی در کنار دانش‌های کلاسیک، پروژه‌های تحقیقاتی و بازار کار نیز به سمت جذب متخصصانی می‌روند که تجربیاتی در این زمینه‌ها دارند، چراکه این افراد می‌توانند تحلیل جامع‌تری را از مسائل ارائه دهند. به‌دست‌آوردن مهارت‌های بیشتر، شانس متقاضیان را برای قرارگرفتن در موقعیت‌های شغلی و تحقیقاتی موردنظر افزایش می‌دهد.
کاربرد سیستم بیولوژی به حوزه‌های زیست‌پزشکی منحصر نمی‌شود و از آن در حوزه‌های دیگر نیز استفاده میشود. زمانی که بتوانیم عملکرد یک سیستم را بشناسیم، می‌توانیم با اطمینان بیشتری به دست‌ورزی سیستم‌های زیستی رو بیاوریم. اگر بدانیم که با تغییر چه بخش یا بخش‌های از سیستم، چه پاسخ بیولوژیکی دریافت می‌کنیم، می‌توانیم به دنبال دست‌ورزی هدفمند باشیم تا سلول‌هایی با قابلیت‌های مطلوب تولید کنیم. درنتیجه، زیست شناسی سامانه‌ها، در مراحل بالاتر می‌تواند در حوزه‌های مهندسی متابولیک و سینتتیک بیولوژی نیز کاربرد داشته باشد.
همچنین در مورد دیگر کاراموزی های بیوانفورماتیکی بخوانید :
برای دانلود درسنامه سیستم بیولوژی به صورت PDF روی تصویر بالا کلیک کنید…
سلام شرکت در دوره کارآموزی R برای افراد بدون هیچ پیش زمینه امکان پذیر هست یا نیاز به آشنایی قبلی با R هست؟
سلام وقت بخیر
این دوره نیاز به پیش نیاز ندارد.
باسلام. دوره سیستم بیولوژی به صورت آنلاین برگزار میشود؟ و بنده که معدل الف هستم هزینه اش چقدر است؟ امکان پرداخت اقساطی هم وجود دارد؟
بله بصورت آنلاین میباشد. ده درصد تخفیف معدل الف در نظر گرفته میشه. امکان پرداخت در اقساط ۳ ماهه نیز وجود دارد
سلام تخفیف نداره این دوره یا اقساط
سلام، تخفیف 10 درصدی شامل افراد دارای معدل الف، کارت ایثارگری یا بهزیستی میشود.
هزینه را نیز در اقساط 3 ماهه میتوانید پرداخت کنید
سلام. دوره سیستم بیولوژی دوباره چه تاریخی برگزار میشه؟
سلام، تاریخ شروع دوره در همین صفحه آپدیت میشود
سلام دوره system biology چه روزها و ساعاتی هست؟
و اینکه امکان شرکت بصورت آنلاین هست؟
با سلام، این دوره بصورت آنلاین برگزار میشود. جهت اطلاعات بیشتر با ما تماس بگیرید
سلام و وقت بخیر.
آیا سیستم بیولوژی میتونه ارتباط چند ژن رو با یک lncRNA تو سلول نرمال و سرطانی برای من تعیین کنه؟ یعنی میتونه بگه یک lncRNA با چه ژنهایی ارتباط داره؟
سلام، بله هدف سیستم بیولوژی پیدا کردن ارتباط بین ژن ها و مسیرهای سلولی که این ژنها در آن دخیل هستند است.
سلام و عرض ادب
ابتدا برای مطالب بسیار مفید و تهیه ویدئو های ارزشمندتان بسیار سپاسگزارم.
دو سوال دارم،
دوره ی طراحی و مدلسازی سلولی برای دانشجوی ارشد ویروس شناسی، کاربرد دارد؟
برای استفاده کاربردی از این دوره، نیاز به دیتاهای مستخرج از آزمایشات عملی و بسیار گران قیمتی نظیر RNA Seq و بررسی های آنزیمی و … است تا بتوان از این اطلاعات استفاده کرد و آنالیز کرد؟
سپاس فراوان
سلام دوست عزیز
ممنون از نظر شما.کارشناسان ما سوالاتتون رو به صورت کامل و تخصصی پاسخگو هستند شما نیاز به مشاوره رایگان و تخصصی دارید. لطفا با آزمایشگاه تماس بگیرید.
سلام در مورد دوره کارآموزی برای دانشجو تخفیف دارید؟
سلام بله
برای اعضای هیئت علمی، کارآموزانی که چندین دوره ثبت نام کردندو معدل الف ها و خانواده ایثارگران تخفیف داریم
سلام دوره دوره مهارت آموزی طراحی و مدلسازی سلولی (سیستم بیولوژی) چه روزهایی در هفته برگزار میشود؟
سلام دوست عزیز
تمامی دوره ها من جمله سیستم بیولوژی تاریخ کلاس هایشان در روز اول کلاس با توجه به برنامه کارآموزان و اساتید تعیین خواهد شد. شما میتوانید جهت کسب اطلاعات بیشتر و مشاوره رایگان جهت ثبت نام با آزمایشگاه تماس بگیرید.