بایولینوکس

بایولینوکس: معرفی آن به عنوان یک توزیع علمی پورتابل و پایدار

بایولینوکس در یک مقاله بیوتکنولوژی Nature در جولای 2006 معرفی و به تفصیل شرح داده شد. این توزیع یا distribution یک تلاش گروهی توسط شورای تحقیقات محیط طبیعی در بریتانیا بود. همانطور که سازندگان و نویسندگان اشاره می‌کنند، نیازهای تجزیه و تحلیل علم omics شامل ژنومیک، ترنسکریپتومیک، پروتئومیک و متابولومیک با کارایی بالا، توسعه راه‌حل‌های محاسباتی یکپارچه را برای تجزیه و تحلیل کوه‌های حاصل از داده‌های تجربی ضروری کرده است. برای رفع این نیازها بایولینوکس متولد شد.

این توزیع به گفته سازندگان آن، به عنوان یک پلتفرم کاری بیوانفورماتیک رایگان می باشد که می تواند بر روی هر چیزی از لپ تاپ گرفته تا یک سرور بزرگ نصب شود وعمل کند. نسخه توزیع فعلی Bio-Linux 8، بر پایه اوبونتو 14.04 LTS ساخته شده است. بنابراین، ظاهر و احساس کلی Bio-Linux شبیه به اوبونتو است.

نیاز و موفقیت رویکرد نرم افزار یکپارچه در طراحی و توسعه Bio-Linux در اکثر کارهای تحقیقاتی بیولوژیکی مانند تحقیقات مولکولی، ایمونولوژیکی و … تائید شده است. بایولینوکس شامل بیش از 250 بسته نرم افزاری از پیش نصب شده است که بسیاری از آنها به الزامات تجزیه و تحلیل داده های بیوانفورماتیک اختصاص دارند.

قدرت این رویکرد زمانی آشکار می شود که بخواهید فرآیند نصب نرم افزار را تحت سیستم عامل دیگری کپی کنید. یکپارچه سازی تمام اجزای نرم افزار و نصب تمام وابستگی های مورد نیاز بسیار زمان بر است و در برخی موارد حتی خارج از سیستم عامل لینوکس امکان پذیر نیست. توزیع Bio-Linux یک محیط پورتابل، پایدار و یکپارچه با نرم افزار از پیش نصب شده فراهم می کند که برای شروع مجموعه وسیعی از وظایف تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک کافی است.

چگونه می‌توان این توزیع شگفت‌انگیز را دریافت نمود؟

اسناد بسیار خوبی در وب سایت Bio-Linux وجود دارد. این مستندات هم دستورالعمل های نصب و هم یک نمای کلی بسیار کامل از استفاده از توزیع بایولینوکس را پوشش می دهد.

توزیع را می توان به صورت local، CD/DVD یا USB نصب و اجرا کرد. همچنین توزیع ها را می توان بر روی سرور یا در محیط ماشین مجازی یا virtual machine نصب کرد. برای شروع فرآیند نصب برای نصب local، disk image یا ISO را برای توزیع Bio-Linux دانلود کنید. Disk image یک فایل 3.3 گیگابایتی است.پس از دانلود ISO، توسعه‌دهندگان Bio-Linux استفاده از UNetBootin را توصیه می کنند که یک بسته نرم‌افزاری بین پلتفرمی رایگان می باشد که برای ساخت USB های bootable استفاده می‌شود. اثربخشی UNetBootin در هر دو سیستم عامل مک و سیتم عامل لینوکس تأیید شده است.

در سیستم عامل های خانواده یونیکس (سیستم عامل مک و لینوکس) همچنین می توان با استفاده از دستور dd  یک USB قابل بوت ایجاد کرد:

sudo dd bs=4M if=”ISO location” of =”USB location” conv=fdatasync]

همانطور که در وب‌سایت Bio-Linux اشاره شده است اگر می‌خواهید از یک USB قابل بوت با رایانه مک به ویژه نسخه های سخت افزاری جدیدتر استفاده کنید، ممکن است نتوانید از USB بوت کنید. راه‌حل‌هایی وجود دارد اما شامل پیکربندی سیستم برای بوت دوگانه است. به همین ترتیب، در ماشین‌های مبتنی بر ویندوز، ممکن است لازم باشد که از داخل BIOS تغییراتی در ترتیب راه‌اندازی و احتمالاً تنظیمات ایمن راه‌اندازی دستگاه ایجاد کنید.

از این لحظه به بعد نحوه استفاده از توزیع به شما بستگی دارد. برای تست می توانید توزیع را از USB اجرا کنید. می توانید توزیع را روی رایانه خود نصب کنید. حتی می‌توانید دستورالعمل‌های وب‌سایت Bio-Linux را دنبال کنید تا یک نمونه VM از توزیع ایجاد کنید یا آن را روی سرور اجرا کنید.

صرف نظر از نحوه استفاده از آن، شما یک پلتفرم تجزیه و تحلیل داده های بیوانفورماتیک پرقدرت در اختیار دارید. شاید شما نیاز حرفه ای به چنین پلتفرمی داشته باشید، اما حتی اگر هرگز از Bio-Linux به عنوان یک محقق حرفه ای استفاده نکنید، می تواند منبع خوبی برای متخصصان آموزش زیست شناسی در همه سطوح باشد تا با اصول بیوانفورماتیک مدرن آشنا شوند.

بیشتر در مورد لینوکس بدانیم

لینوکس به عنوان یک سیستم عامل open source با پشتیبانی قوی می باشد. هسته لینوکس بسیاری از نقاط قوت مشترک با سایر نرم افزار های open source را دارد. لینوکس هم پایدار و هم قابل سفارشی سازی است. همچنین نسبتاً سخت افزاری است و می تواند در کنار سایر سیستم عامل ها در مجموعه گسترده ای از پیکربندی های سخت افزاری اجرا شود. لینوکس همچنین بسیار پورتابل است و می تواند از هر دستگاه ذخیره سازی خارجی قابل بوت، مانند درایو USB بدون نیاز به نصب دائمی سیستم عامل اجرا شود.

هر نوع سیستم عامل لینوکس به عنوان یک توزیع یا distribution نامیده می شود، و به نظر می رسد که برای هر سناریوی محاسباتی قابل تصور، یک توزیع لینوکس وجود دارد. برای مشاهده های انواع توزیع های سیستم عامل لینوکس می توانید به سایت DistroWatch.com نگاهی بیندازید.

چه کسانی از لینوکس استفاده می کند؟

شما احتمالا قبلا از لینوکس استفاده کرده اید، بین یک تا دو سوم صفحات وب در اینترنت توسط سرورهایی که لینوکس را اجرا می کنند تولید می شوند.

شرکت‌ها و افراد لینوکس را برای سرورهای خود انتخاب می‌کنند زیرا ایمن و انعطاف‌پذیر است و می‌توانید علاوه بر شرکت‌هایی مانند Canonical، SUSE و Red Hatکه هر کدام از آنها پشتیبانی تجاری ارائه می‌کنند، از طرف جامعه بزرگی از کاربران پشتیبانی عالی دریافت کنید.

بسیاری از دستگاه‌هایی که احتمالا مالک آن‌ها هستید، مانند تلفن‌ها و تبلت‌های Android و کروم‌بوک‌ها، دستگاه‌های ذخیره‌سازی دیجیتال، ضبط‌کننده‌های ویدیوی شخصی، دوربین‌ها و غیره نیز از لینوکس استفاده می‌کنند. ماشین شما دارای لینوکس در زیر کاپوت است. حتی ویندوز مایکروسافت دارای اجزای لینوکس، به عنوان بخشی از زیرسیستم ویندوز برای لینوکس WSL است.

با شرکت در دوره بیوانفورماتیک ژنیران، مهرت خود را در این زمینه افزایش دهید

دوره مهارت آموزی بیوانفورماتیک