بایوپایتون چیست؟

Biopython

Python (www.python.org) و Biopython ابزارهای open source رایگان هستند که برای همه سیستم عامل های اصلی در دسترس هستند. پایتون یک زبان برنامه نویسی بسیار سطح بالا است که کاربرد تجاری و آکادمیک گسترده ای دارد. این زبان دارای syntax آسان، قابلیت های برنامه نویسی شی گرا و مجموعه وسیعی از کتابخانه ها است. پایتون می‌تواند با کدهای بهینه‌سازی شده نوشته شده در C، C++ یا حتی FORTRAN ارتباط برقرار کند و همراه با Numpy، انتخاب خوبی برای برنامه‌نویسی علمی است. پایتون حتی در زمینه پرتقاضای دینامیک مولکولی نیز قابل استفاده است. در پایتون همچنین کتابخانه های رسم نمودار با کیفیت بالا مانند matplotlib  در دسترس هستند.

Biopython از زمان تأسیس آن در سال 1999، به مجموعه بزرگی از ماژول‌ها تبدیل شده است و در واقع Biopython مجموعه ای از ابزارهای رایگان در دسترس برای محاسبات بیولوژیکی است که توسط یک تیم بین المللی از توسعه دهندگان در پایتون نوشته شده است. این یک تلاش مشترک توزیع شده برای توسعه کتابخانه ها و برنامه های کاربردی پایتون است که نیازهای کار فعلی و آینده در بیوانفورماتیک را برطرف می کند.

چه چیز هایی در پکیج Biopython یافت می شود؟

Biopython شامل ماژول‌هایی برای خواندن و نوشتن فرمت‌های فایل توالی مختلف و multiple sequence alignments، کار با ساختارهای مولکولی ماکرو سه بعدی، تعامل با ابزارهای رایج مانند BLAST، ClustalW و EMBOSS، دسترسی به پایگاه‌های اطلاعاتی آنلاین کلیدی و همچنین ارائه روش‌های عددی برای یادگیری آماری است.

نحوه ی استفاده از Biopython

پایتون شامل سیستم مدیریت پکیج “pip” است که به شما امکان می دهد با یک دستور Biopython را نصب، ارتقا یا حذف کنید:

pip install biopython

pip install –upgrade biopython

pip uninstall biopython

نیازمندی های پایتون

Biopython در حال حاضر در نسخه های زیر پایتون پشتیبانی و تست می شود:

Python 3.7, 3.8, 3.9

PyPy3.7 v7.3.5

وابستگی های Biopython

Biopython به NumPy نیاز دارد (به http://www.numpy.org مراجعه کنید) که اگر Biopython را با pip نصب کنید به طور خودکار نصب می شود.

همچنین از صفحات زیر دیدن فرمایید:
کارآموزی پایتون برای بیولوژيست‌ها
خدمات و تجهیزات آزمایشگاهی 
مطالب علمی بیشتری را در ویکی ژن مطالعه فرمایید…