مقدمهای بر تکنیک ARMS و Tetra-ARMS PCR
این تکنیک با نام کامل (Tetra-primer Amplification refractory mutation system) که اصطلاحا سیستم مقاوم به جهش نیز نامیده می شود، یک روش مبتنی بر PCR برای تشخیص وجود پلی مورفیسم های تک نوکلئوتید (SNP) در ژنوم می باشد. ARMS PCR نخستین بار در سال 1989 توسط Newton و همکارانش معرفی شد که روی نقص های ژن α1 antitrypsin مطالعه می کردند.
این تکنیک قادر به تفکیک افراد هتروزیگوت و هموزیگوت از لحاظ یک لوکوس ژنی می باشد. یکی از مزیت های این روش این می باشد که نیازی به استفاده از آنزیم های محدود کننده ندارد. از طرف دیگر طراحی پرایمر برای این تکنیک کار بسیار دقیق و حرفه ای می باشد.
همانطور که می دانید، مهم ترین نوکلئوتید در پرایمرها باز انتهای ‘3 آن می باشد، که در صورت جفت نبودن با رشته ی الگو، آنزیم پلیمراز قادر به تکثیر قطعه نخواهد بود و ما شاهد هیچ محصول PCR نخواهیم بود.
ما از این اصل در طراحی پرایمر برای تکنیک ARMS بهره می بریم. در شرایط مناسب، الیگونوکلئوتیدهایی که در انتهای ‘3 مکمل توالی هدف نیستند، قادر به اتصال به توالی هدف نمی باشند و در نتیجه ما محصول تکثیر شده ای نخواهیم داشت. گاهی اوقات حتی در صورت مکمل نبودن انتهای ‘3 باز هم پرایمر متصل می شود و توالی مورد نظر تکثیر می شود.
برای رفع این مشکل، یک mismatch دیگر در موقعیتی نزدیک به انتهای ‘3 اضافه می کنیم که باعث افزایش اختصاصیت واکنش می شود. این mismatch اضافی غالبا در نوکلئوتید ماقبل آخر می باشد. در صورتیکه mismatch مربوط به SNP قوی باشد، mismatch اضافی باز ماقبل آخر باید ضعیف باشد و بالعکس.
از مطالب زیر دیدن فرمایید:
