مطالب
خوانش یک‌طرفه و دو طرفه
خوانش یک‌طرفه : اگرچه توالی‌یابی نسل بعدی از پروتکل‌های استاندارد خاصی پیروی می‌کند، اما می‌توان آن را برای تامین به نیازهای تحقیقاتی فردی، از جمله عواملی مانند سؤالات خاصی که می‌خواهید به آنها پاسخ دهید، عمق توالی‌ای که برای دستیابی به اهداف تحقیقاتی خود نیاز دارید، و بودجه‌ی شما شخصی‌سازی کرد. هنگامی که برای دریافت قیمت با ما تماس می گیرید، ما از شما می پرسیم که چه میزان طول توالی مورد نیاز است، یا نیازمند به توالی‌های تک رشته یا دو رشته، و یا چه میزان عمقی از توالی مورد نظرتان است.
طول خوانش
در طول توالی‌یابی، می‌توان تعداد جفت بازهایی که در یک زمان خوانده می‌شوند را مشخص کرد. به‌عنوان مثال، یک خوانش ممکن است شامل 50 جفت باز، 100 جفت باز یا بیشتر باشد. خوانش طولانی‌تر می‌تواند اطلاعات قابل اعتمادتری در مورد مکان‌های نسبی جفت بازهای خاص ارائه دهد. (این به حل چالش رایجی که در توالی‌یابی به‌وجود می‌آید کمک می‌کند، زیرا توالی‌های خوانده شده یکسان می‌توانند در چندین مکان در یک ژنوم ظاهر شوند.) با این حال، معمولاً خواندن توالی طولانی‌تر گران‌تر است.
خوانش یک‌طرفه و دوطرفه
در خوانش یک‌طرفه، توالی‌یاب قطعه‌ای را تنها از یک انتها به انتهای دیگر می‌خواند و دنباله‌ای از جفت بازها را ایجاد می‌کند. خوانش دو رشته، با یک خوانش شروع می‌شود، این جهت را در طول خوانش مشخص شده به پایان می‌رساند، و سپس دور دیگری از خوانش را از انتهای مخالف قطعه شروع می‌کند.
خوانش توالی دو رشته توانایی شناسایی موقعیت‌های نسبی خوانش‌های مختلف در ژنوم را بهبود می‌بخشد، و آن را بسیار مؤثرتر از خوانش تک رشته در حل بازآرایی‌های ساختاری مانند درج ژن، حذف یا وارونگی می‌کند. همچنین می‌تواند مونتاژ مناطق تکراری را بهبود بخشد. با این حال، ممکن است این درجه از دقت برای همه آزمایش‌ها مورد نیاز نباشد، و خوانش توالی‌های دو رشته نسبت به خوانش تک رشته گران‌تر و زمان‌برتر هستند.
میزان عمق طی شده
این پارامتر، اندازه‌گیری تعداد دفعاتی است که یک سایت ژنومی خاص در طول اجرای توالی‌یابی، عمل می‌کند. برای مثال، در توالی‌یابی اگزوم هدف ممکن است پوشش 60X باشد، به این معنی که – به طور متوسط - هر باز هدف 60 بار توالی‌یابی می‌شود. این بدان معنا نیست که هر باز هدف هر بار توالی‌یابی می‌شود.
برخی از بخش‌ها ممکن است 100 بار یا بیشتر خوانده شوند، در حالی که برخی دیگر ممکن است فقط یک یا دو بار خوانده شوند یا اصلا خوانده نشوند. در توالی اگزوم هدف متوسط ما این است که 85 درصد از بازهای هدف حداقل 15 بار و 90 درصد از بازهای هدف حداقل 10 بار پوشش داده شوند. هر چه تعداد دفعات توالی‌های بازی مورد بررسی بیشتر باشد، کیفیت داده‌ها بهتر است.
برای RNA-seq، ما به طور کلی حداقل 20 میلیون خوانش در هر نمونه را توصیه می‌کنیم. برای پروژه‌های توالی‌یابی که به دقت بالاتری نیاز دارند – مانند مطالعات پیوند متناوب – 40 میلیون تا 60 میلیون خوانش دورشته نتایج بهتری ارائه می‌دهد. برای تجزیه و تحلیل دقیق‌تر برای تعیین، به عنوان مثال، بیان آلل خاص یا بیان رونوشت‌هایی با فراوانی پایین، ممکن است 60 میلیون تا 100 میلیون خوانش موردنیاز باشد.
مطالعه صدها مطلب علمی در حوزه بیولوژی
آرشیو جدیدترین خبرهای روز دنیای بیولوژی
مترجم: شقایق مرتاضی
