طراحی وکتور با استفاده از Snapgene

 

طراحی وکتور با استفاده از Snapgene

در کلونینگ مولکولی ، وکتور یک مولکول DNA است که به عنوان ابزاری برای حمل مصنوعی مواد ژنتیکی خارجی به سلول دیگری استفاده می شود تا در آن محل تکثیر و یا بیان گردد (به عنوان مثال فاژهای پلاسمید ، کاسمید ، لامبدا). وکتور حاوی DNA خارجی، DNA نوترکیب نامیده می شود. چهار نوع اصلی وکتور پلاسمیدها ، وکتورهای ویروسی ، کاسمیدها و کروموزوم های مصنوعی هستند. از این میان، وکتورهایی که بیشتر مورد استفاده قرار می گیرند، پلاسمیدها هستند. ویژگی مشترک همه ی وکتورهای مهندسی دارا بودن مبدأ همانند سازی، یک سایت چندگانه کلون (Multi cloning site) و یک مارکر انتخابی است.

خود وکتور به طور کلی یک توالی DNA است که از یک درج (Transgene) و یک دنباله بزرگتر تشکیل می شود که به عنوان backbone وکتور عمل می کند. هدف از وکتوری كه اطلاعات ژنتيكي را به سلول ديگر منتقل مي كند ، معمولاً جدا كردن ، تكثير يا بيان درج یا insert در سلول هدف است. همه وکتورها ممکن است برای کلونینگ استفاده شوند و بنابراین وکتورهای کلونینگ هستند ، اما وکتورهایی نیز وجود دارند که به طور خاص برای کلونینگ طراحی شده اند ، در حالی که ممکن است بقیه به طور خاص برای اهداف دیگر مانند رونویسی و بیان پروتئین طراحی شده باشند. وکتورهایی که به طور خاص برای بیان تراریخته در سلول هدف طراحی شده اند، وکتورهای بیانی نامیده می شوند و به طور کلی توالی پروموتر دارند که بیان ترانس را هدایت می کند. وکتورهای ساده تری که وکتور رونویسی نامیده می شوند، فقط قابل رونویسی هستند اما ترجمه نمی شوند: برخلاف وکتورهای بیانی، می توان آنها را در سلول هدف تکثیر کرد اما بیان نمی شوند. از وکتورهای رونویسی برای تقویت درج آنها استفاده می شود.

دستکاری DNA به طور معمول بر روی ناقلین E. coli انجام می شود ، که حاوی عناصر لازم برای نگهداری آنها در E. coli است. با این حال، وکتورها ممکن است دارای عناصری باشند که امکان نگهداری آنها را در ارگانیسم دیگری مانند مخمر ، سلولهای گیاهی یا پستانداران را فراهم می کند و به این وکتورها، وکتورهای شاتل گفته می شود. چنین وکتورهایی دارای عناصر باکتریایی یا ویروسی هستند که ممکن است به ارگانیسم میزبان غیر باکتریایی منتقل شوند، با این حال وکتورهای دیگری که وکتورهای داخل ژنی یا intragenic  نامیده می شوند نیز تولید شده اند تا از انتقال هرگونه ماده ژنتیکی از یک گونه بیگانه جلوگیری کنند.

به قرار دادن وکتور در سلول هدف معمولاً ترانسفورمیشن برای سلولهای باکتریایی ، ترانسفكشن برای سلولهای یوكاریوتی گفته می شود ، اگرچه قرار دادن وکتور ویروسی غالباً انتقال یا transduction نامیده می شود.

SnapGene به دلایلی محبوب ترین ابزار کلونینگ است چرا که سریع ، هوشمند و بسیار کاربرپسند می باشد.

نرم افزار snapgene با فناوری بصری، اشکالات طراحی را در روشهای شبیه سازی شناسایی می کند تا بتوان آنها را اصلاح کرد.

با استفاده از نرم افزار snapgene و با استفاده از پرایمرهای اختصاصی و یا پرایمرهای طراحی شده توسط نرم افزار snapgene می توان شبیه سازی PCR استادارد را انجام داد.

با استفاده از ابزارهای کلونینگ تخصصی نرم افزار snapgene می توان از طراحی دقیق ساختار برای تمام تکنیک های اصلی کلونینگ مولکولی اطمینان حاصل نمود.

ویژگی های پلاسمید را به صورت خودکار مشاهده کنید

با استفاده از پایگاه داده ویژگی های SnapGene یا ویژگی های سفارشی خود ، ویژگی های موجود در پلاسمیدها را حاشیه نویسی یا annotate کنید.

با استفاده از نرم افزار snapgene می توانید سایتهای آنزیمی، ویژگیها، پرایمرها ، ORF ها، ترجمه ها و موارد دیگر را روی نقشه های پلاسمید یا با جزئیات در نمای توالی نمایش دهید.

توالی های خود را با ابزار هم ترازی یا alignment بررسی کنید

با استفاده از ابزار قدرتمند تراز کردن یا alignment سازه های توالی یابی شده خود را تطابق داده و اعتبار ببخشید.

توالی ها را با استفاده از الگوریتم های مورد اعتماد برای ترازبندی های دوتایی و چندگانه ، از جمله Clustal Omega ، MAFFT ، MUSCLE و T-Coffee تراز یا align نمایید.

با استفاده از CAP3 خوانش ها (reads) توالی یابی شده توسط تکنولوژی سنگر را به contig کامل assemble نمایید.

شبیه سازی ژل آگاروز

با الگوریتم شبیه سازی ژل تجربی مبتنی بر SnapGene دقیقاً همان چیزی را که در آزمایشگاه خواهید دید تجسم کنید

تمام عناصر ژل ، از جمله تعداد خطوط ، درصد ژل آگاروز، زمان اجرا و یک مجموعه کامل از  مارکرهای مولکولی MW را می توانید با استفاده از نرم افزار snapgene تنظیم نمایید.

با استفاده از نرم افزار snapgene می توانید باند مورد نظر خود را با اطلاعات دقیق قطعه برای هر خط ثبت و شناسایی کنید.

می توانید به صورت خودکار یک تاریخچه گرافیکی ایجاد کنید

می توانید رویه های آزمایشی و تغییرات اسناد را به صورت تصویری ثبت کنید

می توانید تاریخچه ی فعالیت های خود در نرم افزار snapgene را با کدهای رنگی نمایش دهید.

همچنین بخوانید…

دوره کارآموزی بیوانفورماتیک

خدمات بیوانفورماتیک آزمایشگاه ژنیران