نحوه ی کار با نرم افزار Avogadro

تجسم مولکولی یا Molecular visualization

تجسم مولکولی یا Molecular visualization به معنای نگاه کردن به مدل های مولکولی به منظور کشف و درک آنهاست. تجسم مولکولی لزوما شامل مدل‌سازی مولکولی نیست که به معنای ایجاد مدل‌های مولکولی یا تغییر ترکیب یا پیکربندی مدل‌های موجود است. در اینجا ما عمدتا با مدل‌های درشت مولکول‌ها (پروتئین، DNA و RNA) یا کمپلکس های آنها سروکار داریم.

نمایش‌های اتمی یکی دیگر از موارد تجسم مولکولی یا Molecular visualization است که این نمایش ها موقعیت اتم ها و پیوندهای کووالانسی را نشان می دهند. چنین نمایش هایی برای مشاهده جزئیات اتمی مفید هستند، اما بیش از حد به هم ریخته می شوند که برای تجسم پپتیدها یا زنجیره های پروتئینی مفید نیستند.

معرفی نرم افزار Avogadro یا آووگادرو 

به منظور مقابله با چالش های شبیه سازی مولکولی و تجسم مولکولی در زمینه های کلیدی علم مواد، شیمی و زیست شناسی، لازم است فراتر از برنامه های کاربردی نرم افزارها حرکت کنیم. پروژه نرم افزار Avogadro یا آووگادرو  در مراحل پایانی بازنویسی بلندپروازانه ساختارهای داده اصلی، الگوریتم‌ها و قابلیت‌های تجسم است.

این پروژه به عنوان یک تلاش اساسی برای رفع کمبودهای مشاهده شده توسط بسیاری از مشارکت کنندگان اولیه در راه حل های تجاری و open source موجود آغاز شد. آووگادرو اکنون یک راه حل قوی و انعطاف پذیر است که می تواند قدرت VTK را برای تجزیه و تحلیل بیشتر و قابلیت های تجسم به کار گیرد.

نرم افزار Avogadro2 یک ویرایشگر شیمیایی و برنامه تجسم است، همچنین مجموعه ای از کتابخانه های نرم افزاری قابل استفاده مجدد است که در C++ با استفاده از اصول ماژولار بودن برای حداکثر استفاده مجدد نوشته شده است. توسعه نسل اول برنامه و کتابخانه آووگادرو در مقاله ما مستند شده است و این روش ارجح برای استناد در حال حاضر باقی مانده است. در نرم افزار Avogadro مجموعه‌ای از مؤلفه‌های نرم‌افزاری با مجوز منبع باز و متقابل پلتفرم را در کتابخانه‌های Avogadro2 همراه یک برنامه کاربردی با کد منبع کامل و باینری ارائه می‌ شود.

این کتابخانه دارای رندر به روز شده و بهبود یافته است که در نتیجه در نتیجه سرعت رندر قابل توجهی دارد و در عین حال کیفیت تصویرسازی نیز بهبود می‌یابد. این هسته برای مقیاس‌پذیری ساخته شده است و به دنبال امکان تجزیه و تحلیل ساختارهای شیمیایی بزرگتر و شبیه‌سازی‌هایی است که امروزه توسط کدهای شیمی محاسباتی تولید می‌شوند. همچنین برای آسان‌تر کردن گسترش آن، استفاده از اسکریپت‌های ساده پایتون برای افزودن قابلیت‌های ورودی شبیه‌سازی، و ورودی-خروجی داده‌ها همراه با دسترسی به APIهای پلاگین C++ کامل که در آن به کنترل بیشتری نیاز است، تأکید شده است.

نرم افزار Avogadro اکنون می‌تواند از قابلیت‌های بصری VTK، علاوه بر قابلیت‌های رندر قدرتمند خود، استفاده کامل کند. این بدان معناست که تجسم پیچیده، شامل تکنیک‌هایی مانند رندر حجم برای داده‌های نقطه‌ای یا خطوط ساده برای فیلدهای برداری، اکنون امکان‌پذیر خواهد شد. این پروژه از دو مخزن مجزا تشکیل شده است که مخزن avogadroapp نمایش کاملی از نحوه استفاده از کتابخانه ها در یک برنامه کاربردی را ارائه می دهد. مخزن avogadrolibs شامل تمام کتابخانه‌ها می‌شود و فقط می‌توان زیر مجموعه‌ها را ساخت. فرآیند توسعه از کنترل نسخه توزیع شده (Git)، آزمایش (CTest/CDash) و تولید باینری خودکار استفاده می کند.

نرم افزار Avogadro یک ویرایشگر مولکول پیشرفته و تجسم‌کننده است که برای استفاده چند پلتفرمی در شیمی محاسباتی، مدل‌سازی مولکولی، بیوانفورماتیک، علم مواد و حوزه‌های مرتبط طراحی شده است. این رندر منعطف با کیفیت بالا و معماری پلاگین قدرتمند را ارائه می دهد. از جمله ویژگی های نرم افزار آووگادرو یا Avogadro می توان به Cross-Platform بودن، رایگان بودن، بین اللملی بودن، شهودی بودن، سریع و توسعه پذیر و انعطاف پذیر بودن آن اشاره نمود.

نرم افزار Avogadro قابل نصب روی سیستم عامل ویندوز، لینوکس و مک می باشد. نصب نرم افزار آووگادرو یا Avogadro آسان و تمام کد منبع و اسناد برای تغییر یا گسترش در دسترس است. نرم افزار آووگادرو یا Avogadro به زبان های چینی، فرانسوی، آلمانی، ایتالیایی، روسی، اسپانیایی و سایر زبان‌ها ترجمه شده است.

نرم افزار Avogadro یا آووگادرو  شهودی ساخته شده است تا به راحتی برای دانشجویان و محققین پیشرفته کار کند. نرم افزار آووگادرو یا Avogadro بسیار سریع است و از رندر و محاسبات چند رشته ای پشتیبانی می کند.

نرم افزار Avogadro توسعه پذیر است به این معنی که معماری پلاگین برای توسعه دهندگان، از جمله رندر، ابزارهای تعاملی، دستورات و اسکریپت های پایتون وجود دارد.

و در پایان بایستی اشاره نمود که نرم افزار آووگادرو یا Avogadro انعطاف پذیر می باشد به این معنی که ویژگی‌ها شامل واردات Open Babel فایل‌های شیمیایی، تولید ورودی برای بسته‌های شیمی محاسباتی متعدد، کریستالوگرافی و بیومولکول‌ها قابل انجام است.

با شرکت در دوره کارآموزی طراحی دارو ژنیران، دانش خود را در کار با نرم افزار Avogadro افزایش دهید:

دوره مهارت آموزی طراحی دارو