BLAST

BLAST یکی از معروف ترین و کاربردی ترین ابزارهای مورد استفاده جهت هم ردیف سازی یا Alignment توالی های اسیدهای نوکلئیک و پروتئین ها می باشد. واژه ی BLAST مخفف Basic Local Alignment Search Tools می باشد که هم ردیف سازی توالی های مورد نظر را به صورت محلی یا موضعی انجام می دهد.

برنامه ی BLAST با بهره گیری از روش Dynamic Programming جفت قطعاتی که از امتیاز هم ردیف سازی بالایی برخوردار هستند را شناسایی می نماید که به این قطعات HSPs (High-scoring segment pairs) گفته می شود. در برنامه ی BLAST توالی مورد نظر با اصطلاح Query و توالی های مشابه ممکن که در پایگاه های داده موجود است با اصطلاح Subject مشخص می شود.

با توجه به نوع توالی مورد مطالعه و همچنین نوع پایگاه مورد جستجو، انواع مختلفی از BLAST تحت عنوان BLASTN، BLASTP، BLASTX، tBLASTN، tBLASTX وجود دارد.

در BLASTN، توالی مورد نظر یک توالی نوکلئوتیدی می باشد که در پایگاه توالی های نوکلئوتیدی جستجو انجام می شود. در نتیجه ی جستجو در پایگاه توالی های نوکلئوتیدی، جفت توالی ها براساس الگوریتم های مشخص، امتیاز دهی می شوند و شباهت آن ها نشان داده می شود.

در BLASTP، توالی مورد نظر یک توالی پروتئینی می باشد که در پایگاه توالی های پروتئینی، جستجو انجام می شود. در نتیجه ی جستجو در پایگاه توالی های پروتئینی، جفت توالی ها براساس الگوریتم های مشخص، امتیاز دهی می شوند و شباهت آن ها نشان داده می شود.

در BLASTX، توالی مورد نظر ما یک توالی نوکلئوتیدی ترجمه شده می باشد که در پایگاه های توالی پروتئینی جستجو می شود.

برای ثبت نام در دوره کارآموزی بیوانفورماتیک اینجا کلیک کنید…