DNA لدر چیست؟ انواع و موارد استفاده

فهرست مطالب نمایش

تعریف DNA لدر

DNA لدر محلولی از مولکولهای DNA با طولهای مختلف است که در الکتروفورز ژل آگارز یا اکریل آمید به کار می‌رود و به عنوان مرجعی برای تخمین اندازه مولکولهای DNA ناشناخته جدا شده بر اساس حرکت آنها در میدان الکتریکی روی ژل استفاده می‌شود. لدرهای DNA مولکولهایی ضروری هستند که به طور معمول در هر آزمایشگاه تجاری DNA مورد استفاده قرار می‌گیرند.

لدرهای DNA را نشانگر اندازه با وزن مولکولی نیز می‌نامند زیرا به تشخیص قطعات مختلف DNA بر اساس وزن مولکولی آنها کمک می‌کند که به نوبه خود آنها را از لحاظ اندازه متمایز می‌کند.
آنها در روش‌های مختلف مرتبط با DNA، از تمایز بین انواع DNA تا تعیین تعداد جهش در یک قطعه DNA، استفاده شده‌اند.
DNA لدر به خوبی با رنگهای مخصوص هسته مانند اتیدیوم بروماید رنگ می‌شود که امکان تجسم قطعات DNA را پس از الکتروفورز ژل فراهم می‌کند.
لدرهای DNA موجود در بازار به شکل 50جفت باز ، 100 جفت باز، 1000 جفت باز و 3000 جفت باز هستند.
این لدرها با هضم قطعات DNA از منابع طبیعی با طول مشخص، توسط آنزیمهای محدود کننده ایجاد می‌شوند.

بنابراین طول قطعات به آنزیم محدود کننده مورد استفاده بستگی دارد، این باعث می‌شود که فرآیند به طور کامل قابل کنترل نباشد.

برای غلبه بر این نقطه ضعف و متغیر کردن لدر، مهندسی DNA توسعه یافت.

بنابراین، برای مقاصد تجاری، قطعه DNA که حاوی یک واحد تکراری است از طریق همان مکان‌های آنزیم محدودکننده منحصربه‌فرد جدا می‌شود، در یک پلاسمید کلون می‌شود و سپس تا حدودی هضم می‌شود تا یک لدر با مولتیمرهای تکراری تولید شود.

با این حال اخیراً بسیاری از پروتکل‌های آزمایشگاهی آماده‌سازی نردبان‌های DNA را با استفاده از روش واکنش زنجیره‌ای پلیمراز (PCR) گزارش می‌دهند.

این روش شامل تکثیر همزمان یک قطعه DNA هدف با استفاده از مجموعه‌های پرایمر یا تکثیر جداگانه دی‌ان‌ای‌های هدف مختلف با استفاده از پرایمرهای خاص است.

DNA لدر مورد استفاده برای الکتروفورز باید دارای ویژگی‌های زیر باشد:

قطعات داخل لدر باید از یکدیگر جدا شوند.
غلظت تک تک قطعات باید به اندازه‌ای باشد که بعد از الکتروفورز قابل مشاهده باشد.
لدر حاوی رنگ، نباید بر ویژگی DNA لدر تأثیر بگذارد.
قطعات موجود در لدر باید به اندازه کافی پایدار باشند تا برای مدت طولانی مورد استفاده قرار بگیرند.
لدر باید بسیار تمیز و خالص و عاری از قطعات غیر ضروری و آلودگی باشد.

انواع DNA لدر

لدرهای DNA بسته به طول قطعات DNA که باید شناسایی شوند یا تعداد قطعات موجود در لدر، انواع مختلفی دارند. برخی از انواع رایج DNA لدر عبارتند از:

DNA لدر 1Kb

DNA لدر1 Kb، شامل 13 قطعه DNA دو رشته‌ای خطی است که میتوان از آنها برای تعیین اندازه قطعات DNA با 250 تا 10000 جفت باز استفاده کرد.
DNA لدر 1Kb، ترکیبی منحصر به فرد از تعدادی پلاسمید است که با آنزیمهای محدود کننده هضم شده و محصولات PCR، سیزده قطعه DNA را بوجود می‌آورد که برای استفاده به عنوان استاندارد وزن مولکولی برای الکتروفورز مناسب هستند.
استفاده از تعداد زیادی از DNA لدر 1Kb، منجر به تعیین سریع و آسان نتایج الکتروفورز می‌شود.

شرح

این لدرها دارای نوارهای مرجع در 1000 جفت باز و 3000 جفت باز به عنوان راهنمایی آسان هستند.
لدر 1Kbرا میتوان به صورت تجاری در غلظتهای مختلف خریداری کرد، اما میزان توصیه شده برای اجرای الکتروفورز 0.5 میکروگرم (5µl) است.
این لدرها را میتوان در آگارز یا در ژلهای پلی اکریل آمید با غلظت ژل 0.75٪ تا 1٪ استفاده کرد.
این لدرها با رنگهای معرف مختلف مانند بروموفنول بلو و زایلن سیانول FF عرضه می‌شوند.
لدر موجود در بازار برای استفاده به صورت محلول 1:4 در آب رقیق می‌شود (3 قسمت آب برای 1 قسمت لدر).
75 میکرولیتر آب با 25 میکرولیتر از DNA لدر ترکیب می‌شود تا محلول 100 میکرولیتری ایجاد شود.
سپس 20 میکرولیتر از رنگ موجود با کیت اضافه می‌شود و محلول به محلول های 60 میکرولیتری (لوله های میکروسانتریفیوژ 0.5 میلی لیتر) تقسیم می‌شود و در دمای 20- درجه سانتی گراد نگهداری می‌شود.
3 میکرولیتر از این لدر رقیق شده در هر باند برای یک ژل آگارز کوچک (40 میلی لیتر) استفاده می‌شود که منجر به غلظت تقریباً 0.63 میکروگرم DNA لدر در هر باند می‌شود.
لدرهای1Kb را میتوان برای زمان‌های مختلف در دماهای مختلف مانند 25 درجه سانتی گراد به مدت شش ماه، در دمای 4 درجه سانتی گراد به مدت 12 ماه و در دمای 20- درجه سانتی گراد به مدت 24 ماه در بافرهای ذخیره سازی مانند Tris-HCl 10 میلی مولار یا EDTA 1 میلی مولار نگهداری کرد.

کاربرد DNA لدر 1Kb

ضروری‌ترین و مهم‌ترین کاربرد DNA لدر 1Kb برای تعیین اندازه قطعات DNA دو رشته‌ای به طول 250 جفت باز تا 10000 جفت باز است.
تعیین اندازه قطعات DNA ، امکان تعیین کمی قطعات DNA و اندازه نسبی آنها را نسبت به هم میدهد.
این استانداردهای اندازه DNA را میتوان به عنوان کنترل، در طول فرآیند الکتروفورز استفاده کرد.

DNA لدر 1kb plus

DNA لدر 1kb plus استانداردی برای اندازه DNA است که از قطعات DNA با طول 0.5 تا 10 کیلوباز تشکیل شده است که برای تعیین اندازه قطعات DNA دو رشته‌ای با طول بین 250 جفت باز تا 25000 جفت باز استفاده می‌شود.
DNA لدر1kb plus از 14 قطعه DNA خالص شده با کروماتوگرافی تشکیل شده است.
قطعات DNA خالص شده باعث تشکیل نوارهای شارپ و شفاف می‌شود که به شناسایی DNA کمک می‌کند.

شرح

DNA لدر 1kb plus معمولاً دارای حدود 14 قطعه DNA خالص شده با باند مرجع در 1000 و 3000 جفت باز برای شناسایی آسان هستند.
DNA لدر 1kb plus با رنگ مخصوص بارگزاری، ارائه می‌شوند که امکان تشخیص آسان نوارهای شارپ پس از الکتروفورز را فراهم می‌کند.
مقدار DNA یا تعداد قطعات DNA در این لدرها دقیق است.
DNA لدر 1kb plus را میتوان در ژلهای آگارز 0.7 تا 1 درصد یا پلی اکریل آمید استفاده کرد.

کاربرد DNA لدر 1kb plus

مهمترین کاربرد DNA لدر 1kb plus برای تعیین اندازه DNA دو رشته‌ای در محدوده 250 جفت باز تا 25000 جفت باز است.
به تعیین اندازه قطعات DNA که بسیار طولانی‌تر از قطعات معمولی هستند کمک می‌کند، که امکان تعیین کمی قطعات DNA و اندازه نسبی آنها را نسبت به هم فراهم می‌کند.

DNA لدر 100 bp

DNA لدر 100 bp استانداردی برای اندازه DNA است که برای تعیین اندازه و کمیت DNA دو رشته‌ای در محدوده 100 جفت باز تا 1500 جفت باز استفاده می‌شود.
این لدرها از حدود 11 قطعه DNA بسیار خالص تشکیل شده‌اند که نوارهای شفاف مشخصی را برای شناسایی سایر قطعات DNA در آن محدوده تشکیل میدهند.

شرح

این لدرها دارای نوارهای مرجع در 500 جفت باز و 1500 جفت باز برای شناسایی آسان قطعات DNA هستند.
این لدر با شدت یکنواخت نوارهای DNA، در اندازه‌های مختلف، برای مشاهده هر باند به طور واضح طراحی شده است.
مقدار دقیقی از DNA در هر باند استفاده می‌شود که امکان تعیین حدودی کمیت نمونه‌های DNA را فراهم می‌کند.

برخی از این لدرها حتی می‌توانند با پلی نوکلئوتید کیناز T4 یا DNA پلیمراز T4 نشاندار شوند.

این لدر DNA دو رشته‌ای را میتوان پس از رنگ آمیزی روی ژلهای آگارز 1%-2% مشاهده کرد.

موارد استفاده از DNA لدر 100 bp

از این لدرها میتوان برای تعیین اندازه قطعات DNA دو رشته‌ای در محدوده 100 جفت باز تا 1500 جفت باز استفاده کرد.
همچنین می‌تواند به منظور تشخیص مانند تشخیص مولکولی پاتوژن‌ها و مشخص کردن تنوع ژنتیکی استفاده شود.

علاوه بر این، میتوان از آن برای نشاندار کردن مولکولی ژنهای مقاومت به بیماری استفاده کرد.

DNA لدر 100 bp plus

DNA لدر 100 bp plus استانداردی برای اندازه DNA است که برای اندازه و تعیین کمیت DNA دو رشته‌ای در محدوده 100 جفت باز تا 3000 جفت باز روی ژلهای آگارز یا پلی اکریل آمید استفاده می‌شود.
لدر دارای حدود 12 قطعه DNA خالص است که نوارهای شفاف متمایزی را برای تشخیص سایر قطعات DNA در آن محدوده تشکیل میدهند.

شرح

این لدرها دارای نوارهایی مرجع در 500 جفت باز و 1500 جفت باز برای جهت گیری آسان هستند.
این لدر دو رشته ای را میتوان در ژلهای %1-2% استفاده کرد.
مقدار معینی از DNA به همراه لدر در هر باند، تعیین حدودی کمیت DNA نمونه را امکان پذیر می‌کند.
لدرها از طریق PCR و هضم با آنزیم محدود کننده DNA دو رشته‌ای تولید می‌شوند.
لدر همراه با رنگ مخصوص و بافر می باشد تا امکان حرکت قطعات را روی ژل فراهم کند.

استفاده از DNA لدر 100 bp plus

DNA لدر 100 bp plus می‌تواند به عنوان استانداردی برای مشاهده اندازه قطعات DNA خطی دو رشته‌ای از 100 جفت باز تا 3000 جفت باز استفاده شود.
شناسایی و تفکیک نمونه‌های DNA را بر اساس وزن و اندازه مولکولی آنها، ممکن میسازد.
این لدر مانند سایر لدرها می‌تواند به منظور تشخیص مثل تشخیص مولکولی پاتوژنهای مختلف در نمونه‌های مختلف استفاده شود.

همچنین بخوانید:

مترجم: معصومه قریبی ششده

منبع

از این مطلب چقدر راضی بودید؟

روی ستاره کلیک کنید تا نظرتون ثبت بشه