DEPC WATER ( دی اتیل پیروکربنات)

راهنمای خرید DEPC WATER (دی اتیل پیروکربنات)

دی اتیل پیروکربنات (DEPC) که دی اتیل دی کربنات (نام IUPAC) نیز نامیده می شود، در آزمایشگاه برای غیرفعال کردن آنزیم های RNase در آب و ظروف آزمایشگاهی استفاده می شود.

دستور العمل DEPC

• 1 میلی لیتر دی اتیل پیروکربنات 0.1 درصد را به 1000 میلی لیتر آب مقطر اضافه کنید.
• خوب مخلوط کنید و به مدت 1 ساعت در دمای اتاق بگذارید.
• اتوکلاو کنید.
• قبل از استفاده بگذارید تا دمای اتاق خنک شود.

در زمان هایی توصیه به عدم استفاده از آن برای treat نکردن نمونه استفاده شده:

DEPC  توصیه نمی شود زیرا می تواند کمی اسیدی باشد که می تواند منجر به دپوراسیون و تخریب الیگوها شود. در حالت ایده‌آل باید از یک بافر TE کم استفاده شود (10 میلی‌مولار Tris pH 8.0، 0.1 میلی‌مولار EDTA)

Thermo Scientific تصفیه شده با دی اتیل پیروکربنات و 0.22 میکرومتر آب فیلتر شده با غشاء برای کاربردهایی که شامل RNA هستند ایده‌آل است. دی اتیل پیروکربنات برای افزایش حساسیت و حذف کامل هرگونه پتانسیل تخریب RNA توسط RNaseها در طی سنتز cDNA ترجیح داده می شود، اما آب بدون نوکلئاز باید برای PCR کافی باشد.

با این حال، اگر دی اتیل پیروکربنات را انتخاب کنید، تا زمانی که غیرفعال شده باشد، PCR شما را تحت تأثیر قرار نخواهد داد. دی اتیل پیروکربنات سمی است و در آزمایشگاهی که نمی توان به درستی از آن استفاده کرد، مناسب نیست. زیرا ممکن است خطر جدی برای سلامتی ایجاد کند. ظروف و معرف های شیشه ای بدون هسته برای بسیاری از کاربردهای زیست شناسی مولکولی مورد نیاز هستند. تصفیه شیمیایی با دی اتیل پیروکربنات مدتهاست که یک روش معمول برای تولید آب بدون هسته بوده است، اما این روش دارای چندین اشکال است.

آب DEPC با اصلاح گروه های -NH2، -SH و -OH در RNase ها و سایر پروتئین ها، فعالیت آنزیمی را از بین می برد. این ماده برای PCR توصیه نمی‌شود زیرا می تواند کمی اسیدی باشد که می تواند منجر به دپوراسیون و تخریب الیگو شود. pH دی اتیل پیروکربنات اتوکلاو شده حدود 4.08 تا 3.97 می‌باشد. DEPC برای اصلاح باقی مانده های هیستیدیل در پروتئین ها شناخته شده است و منجر به غیرفعال شدن بسیاری از آنزیم ها می شود.

در زمینه زیست شناسی مولکولی، دی اتیل پیروکربنات یک مهارکننده قوی اما نه مطلق فعالیت RNase (به عنوان مثال بازدارنده ریبونوکلئاز) است. این ماده نه تنها اتصال رایانودین به کانال گیرنده رایانودین/Ca2+ در عضله اسکلتی را به روشی وابسته به دوز مهار می کند، بلکه نفوذپذیری Ca2+ وزیکول های شبکه سارکوپلاسمی (SR) را افزایش می دهد. DEPC همچنین برای غیرفعال سازی خاص نوکلئازها در طول جداسازی پلی نوکلئوتیدهای تجزیه نشده و همچنین مهار فاکتور فعال کننده پلاکت (PAF)، استیل هیدرولاز مفید است.

آب تصفیه شده با DEPC برای استفاده با RNA مناسب است. با انکوباسیون 0.1% DEPC تهیه می شود و سپس برای حذف DEPC اتوکلاو می شود. اگرچه اتوکلاو با ایجاد هیدرولیز DEPC باعث غیرفعال شدن DEPC می شود، اما EtOH (اتانول) و CO2 به عنوان محصولات جانبی واکنش آزاد می شوند. مقدار دی اتیل پیروکربنات مورد نیاز برای غیرفعال کردن RNase، به صورت تصاعدی افزایش می‌یابد، زیرا مقدار RNase آلوده کننده در محلول افزایش می‌یابد.

اگرچه افزایش غلظت DEPC باعث غیرفعال شدن مقادیر فزاینده آلودگی RNase می شود، همچنین پیشنهاد شده است که سطوح بالای دی اتیل پیروکربنات باقیمانده یا محصولات جانبی آن در یک محلول می تواند برخی از واکنش های آنزیمی را مهار کند یا RNA را از نظر شیمیایی تغییر دهد (مانند واکنش های ترجمه آزمایشگاهی). بنابراین، افزایش مقادیر DEPC به طور فزاینده ای مانع رونویسی می شود.

مشاهده لیست کامل مواد آزمایشگاهی