Ladder

با توجه به روش الکتروفورز ، می توان مولکول های DNA ای که دارای طول های متفاوت می باشند را شناسایی نمود. به دلیل اینکه مولکول های DNA دارای بار منفی می باشند. زمانی که روی ژل آگارز قرار می گیرند با اعمال جریان الکتریکی به سمت الکترود مثبت می توانند حرکت کنند. در این روش، جداسازی مولکول های DNA با توجه به اندازه آنها امکان پذیر است که اگر DNA ایدارای رشته کوتاه باشد سرعت حرکت آن روی ژل به  نسبت DNA ای که دارای رشته بلند می باشد بیشتر است.

که در نتیجه با اضافه کردن رنگ های دارای فلورسنت می توان آنها را ردیابی نمود. روش الکتروفورز به دو صورت افقی و عمودی برای مولکول های DNA انجام پذیر است اما روش افقی بسیار ساده تر از روش عمودی می باشد. بعد از حرکت تمام مولکول های DNA و در نتیجه توقف آنها و جریان ، با توجه به اندازه متفاوت مولکولهای DNA باند های متفاوتی بر روی ژل قابل رویت می باشد که برای اندازه گیری دقیق انها از یک نشانگر (LADDER) استفاده می شود که در نتیجه LADDER اندازه  باندهای تشکیل شده را می تواند تخمین بزند.

LADDER یا مارکر های استاندارد دارای اندازه های متفاوت از چند جفت باز تا چند کیلو باز می باشند. تهیه این LADDER ها یا مارکر های DNA با استفاده از الگوی هضم آنزیمی انواع فاژ یا پلاسمید که برش آنها توسط آنزیم های اندونوکلئاز محدود کننده صورت می گیرد ک با توجه به مسیر تولیدی به این نوع از مارکر های نوکلئیک اسیدی، DNA LADDER گویند.

طرز تخمین وزن نمونه بدین گونه بدست می اید که نمونه مجهول را با باند تیجاد شده مطابقت داده و سپس وزن تقریبی را می توان حدس زد.

مقدار DNA LADDER که باید load شود بدین گونه می باشد که برای یک سیستم الکتروفورز استاندارد، توصیه میشود 0.5 میکروگرم (20 میکرولیتر) از Fast DNA Ladder را روی ژل آگارز قرار دهید. برای یک سیستم الکتروفورز سریع (5 تا 30 دقیقه جداسازی)، توصیه های سازنده سیستم را دنبال کنید: 5 تا 20 میکرولیتر بار. ممکن است نیاز به رقیق کردن LADDER باشد.