پیش بینی ساختار دوم پروتئین

پروتئین ها واحد های عملکردی سلول می باشند که از واحد های ساختاری اسیدهای آمینه که با پیوند پپتیدی به هم متصل شده اند، تشکیل شده اند. پروتئین ها ساختارهای متعددی دارند. قرار گرفتن اسید های آمینه به ترتیب کنار هم ساختمان اول پروتئین (ساختار خطی) را تشکیل می دهند. به ساختاری که پروتئین در حین تاشدگی به خود می گیرد، ساختار دوم پروتئین گفته می شود که به دو دسته مارپیچ آلفا و صفحه های بتا تقسیم می شود. در اثر کنار هم قرار گرفتن مارپیچ های آلفا و بتا توسط پیوندهای هیدروژنی، موتیف های پروتئینی تشکیل می شوند که در واقع موتیف به نوعی یک ساختار فوق ساختاری دوم می باشد. ترکیب چندین موتیف کنار هم تشکیل یک دمین پروتئینی را می دهد. به ساختمان سه بعدی پروتئین ها ساختمان سوم پروتئین گفته می شود. به چگونگی قرار گرفتن زنجیره های پروتئینی یا در واقع زیر واحد های پروتئینی کنار همدیگر، ساختمان چهارم پروتئین گفته می شود. یک شکاف عمیق بین توالی های شناسایی شده پروتئین و ساختمان پروتئین وجود دارد، لذا روز به روز نیاز به درک صحیح ساختمان پروتئین ها احساس می شود. به همین دلیل محققان در زمینه ی بیوانفورماتیک حوزه ی پروتئین به دنبال ابزارهایی به منظور پیش بینی ساختار پروتئین می باشند که بتوانند به مهندسی پروتئین دست یابند. در اینجا به معرفی یکسری از پایگاه های داده به منظور پیشگویی ساختار دوم پروتئین می پردازیم.

پایگاه داده ی JPRED :

که به منظور پیشگویی ساختار دوم پروتئین به کار می رود. برای دسترسی به پایگاه داده ی JPRED از طریق سایت http://www.compbio.dundee.ac.uk/jpred اقدام می نماییم

پایگاه داده ی PSIPRED :

یک پایگاه داده ی پرکاربرد دیگر به منظور پیشگویی ساختار دوم پروتئین می باشد که برای دسترسی به این پایگاه داده می توان از لینک http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/ اقدام نمود.

پایگاه داده ی PredictProtein :

یک سایت مرجع پروتئین می باشد که ابزارهای متعددی برای مطالعات بیوانفورماتیک پروتئین دارد که برای دسترسی به این پایگاه داده به لینک https://www.predictprotein.org مراجعه نمایید.

GOR :

یک پایگاه داده ی کاربردی دیگر به منظور پیشگویی ساختار دوم پروتئین می باشد.

جهت مشاهده دوره آموزشی (کارآموزی بیوانفورماتیک) اینجا کلیک کنید.